A mongol törzsek Belső-Ázsia hatalmas pusztaságain egyesültek még 1206 táján Dzsingisz kán vezetésével, majd pár évtized alatt meghódították az ázsiai sztyeppét, betörtek Kínába, elfoglalták Szamarkandot, Perzsiát, megsemmisítették az orosz fejedelemségeket, és az 1240-es esztendő környékén megközelítették a Kárpátok hegykoszorúját. Magyarországon Julianus barát úti beszámolóiból és a IV. Bélához menekülő nomád kunok elbeszélései alapján rengeteg információról rendelkeztek a mongolok harcmodoráról és támadási szándékáról, Ögödej nagykán 1237 során levelet is küldött Bélának, hogy behódolásra bírja őt. A király akkor még nem foglalkozott a távoli és ismeretlen ország fenyegetésével, a mongolok azonban 1240-ben elfoglalták Kijevet és hadjáratot terveztek Európa ellen.

IV. Béla, minden igyekezete ellenére csak a Templomos Lovagrend segítségét tudta megszerezni nyugatról, körülbelül 20 000 fős serege 1241 tavaszán Pest környékén gyülekezett. A nádor, Tomaj Dénes a Vereckei-hágónál megpróbálta 5000 emberével útját állni a Batu vezette főseregnek, de 1241. március 12-én vereséget szenvedett, és a csatában ő maga is meghalt. Miután az ellenség bejutott az országba, IV. Béla megindult Pestről kelet felé, és a Sajó folyónál, a mai Muhi községnél találkozott a gyorsan mozgó mongol fősereggel. Április 10-én a magyarok letáboroztak a megáradt folyó jobb partján, az átkelésre szolgáló egyetlen hidat erős őrizet alá véve. A IV. Béla vezette sereg hatalmas szekérvárral vette körül magát, átengedve ezzel a kezdeményezés előnyeit a mongoloknak, aznap este a lovagsereg vissza is vert egy, a hídőrséget ért támadást.

A kisebb győzelem után azonban Béla vezérei hatalmas hibát követtek el: a mongol visszavonulás után úgy gondolták, máris megnyerték a csatát, így a híd őrségének nagy részét éjszaka visszavonták. Hajnalban azonban a tatárok újra támadtak, ekkor már teljes létszámban, megszerezték a Sajó hídját és a nagyrészt még alvó táborra rontottak, tüzes nyilaikkal pillanatok alatt lángba borítva a védállásokat. Ráadásul Batu harcosai gázlót is találtak a megáradt folyón, így sikerült nagyrészt bekeríteni a rendeződni képtelen, lángoló romok közé beszorult magyar sereget. Béla király és katonái csak nagy veszteségek árán tudtak elmenekülni, a csatamezőn hagyva a magyar arisztokrácia nagy részét.

Muhinál elesett Mátyás esztergomi, Ugrin kalocsai érsek és számos püspök, de később Fehérváron belehalt a csatában szerzett sebeibe Kálmán herceg, a király öccse is. Az ütközet után IV. Béla Bécsbe menekült, ahol II. Frigyes osztrák herceg  megzsarolta, és három nyugati vármegye átadását követelte tőle, végül az uralkodó az Adriai-tenger partján álló Trau (ma: Trogir) várába menekült. A Magyarország elleni támadással egy időben egy másik mongol sereg Lengyelországon át intézett támadást de miután Legnica mellett legyőzte a lengyel és német lovagokból álló sereget, a Kárpát-medencébe vonult. A Dunán inneni részeken a hordák 1241 során hatalmas vérengzést és dúlást hajtottak végre, elfoglaltak szinte minden erődítményt, lenyilazva és elhurcolva a lakosságot, melynek maradéka nádasokban és erdőkben rejtőzött el.

Balszerencsés módon 1241–42 tele rendkívül kemény volt, így a mongolok a befagyott Dunán átkelve az ország eddig háborítatlan részeit is lerohanták, Fehérvár, Esztergom és Buda kivételével a legtöbb városban hasonló pusztítást végezve. IV. Béla elfogása érdekében ostrom alá vették Trau várát is. 1242 nyarán aztán a sereg váratlanul kivonult az országból, amit annak tulajdonítanak, hogy Batu, mint aspiráns, Ögödej nagykán halála után a birodalom fővárosában, Karakorumban, a kurultájon meg akarta szerezni a főhatalmat. Az is valószínű, hogy a kivonulás a mongol harcmodor része volt, második csapással akarták végleg birtokba venni Magyarország területét. IV. Béla 1242 nyarán visszatérhetett az elpusztított országba, és nekiállhatott annak a roppant újjáépítési munkának, amiért az utókor „második honalapító” királyunkként emlegeti őt.